Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Anabilim Dalının temel amacı, lisansüstü öğrenim gören öğrencilerin mesleki ve akademik gelişimlerini etkin şekilde sürdürmelerine katkı sağlamaktır. Bu bağlamda, çağdaş eğitim kuram ve yaklaşımları kullanılarak 21.yüzyıl becerileri ile donatılmış, ulusal ve uluslararası gelişmeleri takip edip, alana katkı sağlayabilen matematik eğitimi ve fen eğitimi uzmanlarının yetiştirilmesi hedeflenmektedir. Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Anabilim Dalında tezli yüksek lisans düzeyinde Matematik Eğitimi ve Fen Bilgisi Eğitimi programları bulunmaktadır.